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引物設(shè)計和末端標(biāo)記實驗

更新時間:2024-06-12      點擊次數(shù):136


試劑、試劑盒激酶緩沖液MgCl2二硫蘇糖醇牛血清白蛋白ddH20TE 緩沖液EDTA聚核苷酸激酶引物放射性化合物

儀器、耗材放射性化合物離心機(jī)和轉(zhuǎn)子丙烯酸防護(hù)板離心管架廢棄物容器蓋革計數(shù)器QuickSpin 柱

實驗步驟

一、材料


1. 緩沖液、溶液和試劑


5X 激酶緩沖液


0.25mol/LTris-HCl,pH9


0.05mol/LMgCl2


0.05mol/L 二硫蘇糖醇(DTT)


0.25 mg/ml 牛血清白蛋白(BSA)


-20°C 儲存


滅菌重蒸水(ddH20)


TE 緩沖液,pH8.0


10 mmol/LTris-HCl,pH8.0


1mmol/LEDTA,pH8.0


2. 酶和酶緩沖液


聚核苷酸激酶,10U/ul(Roche)


3. 核酸和寡核苷酸


寡核苷酸引物


4. 放射性化合物


[y-32P]ATP6000Ci/mmol/L(lCi=3.7X1010Bq)(PerkinElmerLifeSciences)


也可用 [y-33P]ATP, 它相對于 [y-32P]ATP 危險性稍微小一些,并具有更長的半衰期,但是更貴。


5. 離心機(jī)和轉(zhuǎn)子


用翻轉(zhuǎn)吊桶式轉(zhuǎn)子離心,15 ml 錐形管的適配器


6. 專用設(shè)備


丙烯酸防護(hù)板、離心管架(「betablock」)和廢棄物容器


離心管架(例如 3008-1000fromUSAScientific)


收集管(1.5 ml,包括快速離心柱)


冷卻塊(coolingblock)


錐形管,15 ml


蓋革計數(shù)器(Geigercounter,—種放射能測定器)


離心管,0.5 ml,滅過菌


QuickSpin 柱(TE:),G-25 葡聚糖凝膠(Sephadex) 柱,用于放射性標(biāo)記 DNA 的純化(Roche)


水浴

QQ圖片20240517114116.png

二、方法


1. 用滅菌 ddH20 將引物稀釋至10umol/L。所購買的引物是以 50nmol/L 等級合成的收到時呈凍干粉狀。用 PH8.0 的 TE 緩沖液將干粉溶解后,作為儲存液保存。使用前將其稀釋成 10umol/L 的工作溶液,分裝成小份,凍存于-20°C。


2. 選擇一個引物進(jìn)行末端標(biāo)記。在冰上融化引物和 5X 激酶緩沖液。酶在加入反應(yīng)體之前都要放在冰柜里,也可以用臺式冷卻塊使酶維持在-20°C。在室溫下融化同位素,需將丙烯酸防護(hù)板擋在前面。


3. 在冰上將 3ul 滅菌 ddH20、5.6ul5X 激酶緩沖液、12ul 10mol/L 引物和 1.4ul 聚苷酸激酶加入到滅菌的 0.5 ml 離心管中,將冰盒放在丙烯酸防護(hù)板后面,加入 6ul[y-32P] ATP(6000Ci/mmol/L)?;靹?,蓋上蓋子,37°C 水浴上溫育 1~2 h。


4. 在溫育的最后 10min 準(zhǔn)備 QuickSpin 柱。將柱子反復(fù)顛倒混勻,除去管帽和頂蓋放入收集管內(nèi)。將柱子/收集管組件置于 15 ml 錐形管中,在臺式離心機(jī)中以 1100 g 離心2 min。倒干收集管再離心一次。在裝入末端標(biāo)記的反應(yīng)混合物之前,轉(zhuǎn)移柱到另一干凈的收集管中。


5. 溫育完成之后,將末端標(biāo)記反應(yīng)混合物在離心機(jī)上短暫離心。加入 52ul 滅菌 ddH20,移液器吹打混勻,轉(zhuǎn)移所有溶液到離心柱上純化(比如除去未利用的核苷酸)。


6.1100 g 離心 4 min。


7. 從收集管上將柱子取下,并扔入適當(dāng)?shù)姆派湫詮U棄物容器中。蓋上收集末端標(biāo)記物的收集管的蓋子。繼續(xù) PCR 方案(方案 2) 或?qū)⒁锓旁谠嚬芗苌嫌?20°C 凍存。


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